后续阶段的谈判同样充满挑战。在第二阶段，双方要就永久性停火展开深入谈判，但以色列方面表示在消除哈马斯的军事和政治能力之前不会完全撤离加沙，而哈马斯则坚持在以色列撤离所有军队之前不会交出所有被扣押人员，这一核心矛盾成为永久性停火谈判的关键难点，需要双方在未来谈判中寻求妥协与解决方案。第三阶段涉及哈马斯归还死亡人质的遗体以及以色列允许国际援助资金进入加沙，推动加沙地带大规模重建工作，但目前在资金来源等问题上还存在诸多不确定性，需要进一步协商与明确。
协议的执行面临诸多风险与挑战。在协议宣布后，以色列曾出现继续轰炸加沙的情况。加沙民防部门报告显示，自停火协议宣布后，以色列在加沙各地的轰炸造成至少73名巴勒斯坦人死亡，包括20名儿童和25名妇女，超230人受伤，这严重破坏了停火协议的执行氛围，加剧了双方的不信任。以色列政府内部也存在不同声音，在协议达成后，内塔尼亚胡办公室曾因指控哈马斯违背协议部分内容而推迟表决会议，尽管哈马斯官员否认这一指控，但这一事件反映出双方之间的信任赤字依然严重，任何一方的微小举动都可能引发协议执行的危机。